Το Ελληνικό Ινστιτούτο διαθέτει μια πλούσια σύγχρονη βιβλιοθήκη 28.000 περίπου τίτλων, με σημαντικά βιβλία που αναφέρονται κυρίως στη βυζαντινή και μεταβυζαντινή ιστορία, φιλολογία και τέχνη, στην ιστορία του βενετοκρατούμενου ελληνικού χώρου, αλλά και στην ιταλική και στην ευρωπαϊκή ιστορία και φιλολογία. Τα βιβλία που εισέρχονται στη βιβλιοθήκη προέρχονται κυρίως από αγορές, αλλά και από δωρεές ή ανταλλαγές έργων. Τελευταίο απόκτημα αποτελεί η δωρεά, από τη Μητρόπολη Ιταλίας προς το Ίδρυμα, της προσωπικής βιβλιοθήκης του μακαριστού μητροπολίτη Ιταλίας Γενναδίου, αποτελούμενη από 2.000 περίπου βιβλία. Η βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου κατέχει, επίσης, σημαντικό αριθμό διεθνών επιστημονικών περιοδικών και είναι η μοναδική βιβλιοθήκη στην Ιταλία που κατέχει τις σπουδαιότερες σειρές ελληνικών περιοδικών, καλύπτοντας έτσι τις ερευνητικές ανάγκες της ευρύτερης επιστημονικής κοινότητας της Βενετίας.
Αναπόσπαστο κομμάτι της βιβλιοθήκης του Ινστιτούτου αποτελούν η βιβλιοθήκη των παλαιτύπων και τα χειρόγραφα.
Χειρόγραφοι Κώδικες
Το Ινστιτούτο κατέχει συλλογή 47 ελληνικών χειρογράφων. Μεταξύ αυτών ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν: τρία ιστορημένα Ευαγγέλια σε περγαμηνή (12ου-14ου αιώνα), το χειρόγραφο του Ψεύδο-Καλλισθένους, Διήγησις Αλεξάνδρου, του 14ου αιώνα, με τις 250 έγχρωμες μικρογραφίες, αυτόγραφα σημειωματάρια του Γαβριήλ Σεβήρου (1581-1588), διάφορα μουσικά χειρόγραφα και το βιβλίο της «Προθέσεως» ή «Παρρησίας» του ναού του Αγίου Γεωργίου της Βενετίας. Στο τελευταίο καταγράφονταν τα ονόματα των ευεργετών του ναού και ο τόπος καταγωγής τους, τα οποία μνημονεύονταν κατά τη θεία λειτουργία.
Παλαίτυπα
Η βιβλιοθήκη των παλαιτύπων του Ελληνικού Ινστιτούτου περιλαμβάνει περισσότερους από 3.000 τίτλους ελληνικών και ξενόγλωσσων βιβλίων, τα οποία προέρχονται από την πλούσια βιβλιοθήκη του Κολλεγίου Φλαγγίνη. Πρόκειται για έργα φιλοσοφίας, ρητορικής, θεολογίας, μαθηματικών, γεωγραφίας, παιδαγωγικής, εμπορικά εγχειρίδια, εγκυκλοπαίδειες, λεξικά, γραμματικές, κ.ά. της χρονικής περιόδου από τον 16ο αιώνα έως και τα τέλη του 19ου αιώνα. Πολλά από αυτά είναι τυπωμένα στα ελληνικά τυπογραφεία της Βενετίας, όπως του Γλυκή, του Θεοδοσίου, του Αγίου Γεωργίου και του Φοίνικα.
Αυτή την περίοδο γίνεται συστηματική καταγραφή των παλαιτύπων με σκοπό τη δημιουργία βάσης δεδομένων αλλά και την έντυπη κυκλοφορία ενός σύγχρονου επιστημονικού καταλόγου.
