Το επιστημονικό έργο του Ινστιτούτου αποτυπώνεται στις εκδόσεις του. Η εκδοτική δραστηριότητα του Ινστιτούτου ξεκίνησε λίγα χρόνια μετά την ίδρυσή του, το 1962, με την κυκλοφορία του ετήσιου επιστημονικού περιοδικού «Θησαυρίσματα» και με την έκδοση του καταλόγου της συλλογής των εικόνων του Ινστιτούτου που συνέταξε ο Μανόλης Χατζηδάκης (Icônes de Saint–Georges des Grecs et de la collection del’Institut Hellénique de Venise). Από το 1962 έως σήμερα το Ελληνικό Ινστιτούτο αριθμεί 48 τόμους «Θησαυρισμάτων» και πάνω από 100 εκδόσεις βιβλίων που κατανέμονται στις διάφορες σειρές του εκδοτικού έργου όπως Βιβλιοθήκη, Ελληνολατινική Ανατολή, Πηγές, Συνέδρια, Θωμάς Φλαγγίνης, Εκθέσεις Πεπραγμένων, κ.ά.